A auditoria trabalha de forma independente, sem vínculo empregatício e sua atenção está voltada para a confiabilidade dos registros contábeis afim de testar a eficiência dos sistemas utilizados.
Além de ser obrigatória para a manutenção do CEBAS, a auditoria aumenta a confiança dos órgãos fiscalizadores, resguarda o Conselho Diretor e traz transparência ao melhorar os controles internos. No desenvolvimento dos trabalhos, os padrões a serem seguidos são aqueles constantes nas Resoluções do Conselho Federal de Contabilidade (Normas Brasileiras de Contabilidade), principalmente os estabelecidos nas NBC-TA; das recomendações do IBRACON - Instituto dos Auditores Independentes do Brasil, da CVM – Comissão de Valores Mobiliários, e de outras instituições oficiais fiscalizadoras.